A Nostromo űrhajó a hazatérés helyett a képernyőn villogó pont nyomába ered. Váratlan küldetésük egy kihalt bolygóra vezeti őket, ahol egy elhagyott űrhajót találnak, belsejében számtalan, tojás alakú kapszulával. Miközben óvatosan próbálják feltárni az űrsikló titkát, az egyik tojásból hirtelen kirobban egy lény és rátapad Kane (John Hurt) arcára, aki teljesen megbénul. Miután Kane visszanyeri az eszméletét és csatlakozik a többiekhez, megdöbbentő dolog történik. Kane testéből egy szörny kel ki, amely sorra végez az űrhajósokkal. Ripley (Sigourney Weaver) azonban nem törődik bele a halálba.

57 évvel később egy mentőhajó talál rá Ripleyre (Sigourney Weaver), akinek az utolsó pillanatba sikerült megmenekülnie. Hazaérkezvén megtudja, hogy annak idején egy emberi kolóniát telepítettek arra a bolygóra, ahol megtámadta őket az ismeretlen szörnyeteg. Miután a földi kutatóbázis minden kapcsolatot elveszített az odatelepített emberekkel, Ripley-t egy sereg felfegyverzett harcos kíséretében visszaküldik a távoli bolygóra, hogy egyszer s mindenkorra leszámoljanak a félelmetes idegennel és megmentsék a túlélőket. De a landolás után nem sokkal elszabadul a pokol.

Bár Ellen Ripley sikeresen megmenekült, amikor űrhajója lezuhan a Fiorina 161 bolygón, a balesetet Newt és Bishop nem éli túl. A Fiorina 161-rol hamar kiderül, hogy a bolygó nem más, mint egy fegyenctelep, ahol a magukra hagyott rabokra van bízva, hogyan maradnak életben. Ripley-nek hamar rá kell jönnie arra, hogy bár társai meghaltak, nem ő maradt a hajó egyetlen utasa. Noha titokzatos útitársa gyilkos szándékkal érkezett, Ripley hamar rájön arra is, hogy nem a titokzatos idegen a legfélelmetesebb ellenfele.

Ripley életét áldozta a földönkívüli szörnyeteggel vívott küzdelemben. A testében azonban ott maradt az új élet csírája - egy idegen lényé. Kétszáz esztendővel később, egy genetikai kísérletsorozat eredményeképpen, a tudósok életre keltik a hadnagyot. De nemcsak őt klónozták, hanem a benne lévő idegen királynőt is. Céljuk, hogy kitenyésszék a "tökéletes fegyvert". Ez olyannyira sikerül, hogy a kiszabadult szörnyetegek ellepik a támaszpontot. Ripley-re és az állomásra érkező csempészekre, köztük a különös Callra vár a feladat, hogy megállítsák az idegeneket.