A galaxison végigsöpör a klónok háborúja. A Jedi lovagok a rend fenntartásáért és a béke helyreállításáért harcolnak. Mégis egyre több csillagrendszer esik a sötét erők áldozatául, a galaktikus köztársaság pedig mindinkább a szeparatisták és droidhadseregük uralma alá kerül. Anakin Skywalker és a tanítványa, Ahsoka Tano olyan küldetésen járnak, mely mélyreható következményekkel jár, s amelynek során szembekerülnek az alvilág egyik hírhedt urával, Jabbával. Ám Dooku gróf és ármányos segítői - köztük a gonosz Assaj Ventress - mindent elkövetnek, hogy Anakin és Ahsoka küldetése kudarcot valljon. Eközben a háború frontvonalában Obi-van Kenobi és Yoda mester a hatalmas klónhadsereg élén hősies harcot vív, hogy ellenálljon a sötét oldal erőinek.