Miló-t, az ifjú nyelvészt nemcsak tudományos szempontból érdekli Atlantisz, az elsüllyedt birodalom rejtélye. Nagyapja is szenvedélyesen kutatta az ókori csoda titkát, és állítólag nyomára is jutott a megoldásnak: birtokában volt az Atlantisz minden titkát rejtő könyv. Whitmore, a különc milliomos hisz a legendának, ezért veszi be expedíciójába a habókos tudóst. A szakértőkből és kalandorokból verbuvált csapat egy óriás tengeralattjárón indul útnak, és titokzatos hajótörése után sem adja fel: ember nem járta víz alatti tájakon halad végső célja felé. Számtalan csodálatos kaland után, Milo segítségével a kis csapat eljut Atlantiszra, de nem romokat talál, hanem egy csodás királyságot. Milo összebarátkozik Kida hercegnővel, és amikor rájön, hogy társai nem is tudományos céllal érkeztek ide, elhatározza, hogy megmenti a tengermélyi birodalmat. Ha nem elég okos, Atlantisz talán tényleg legendává válik...

Első expedíciójuk során Milo és csapata megtalálta a sokáig csak legendának hitt vízalatti várost, Atlantiszt, és sikeresen megmentették a bukott birodalmat, valamint annak lakóit. Milo, új barátnője, Kida, valamint a legénység azonban nem pihenhet sokáig, hiszen három vadonatúj kaland vár rájuk. A csapat kénytelen elhagyni a biztonságos Atlantiszt, mert a felszínen ismét titokzatos és gonosz erők működnek elpusztításukon. Poros sivatagokon, végtelen jégmezőkön, hegyeken és tengereken átívelő hihetetlen kalandjaik során hatalmas tengeri szörnyekkel, szellemekkel és csupán legendákból ismert félelmetes lényekkel kell megküzdeniük. Kida időközben felfedezi Atlantisz kristályainak lélegzetelállító erejét és el kell döntenie, hogy Atlantisz Szívének erejét megossza-e a világgal, vagy bölcsebb dolog elrejteni a mágikus követ...